La defensa de los derechos de los nativos americanos bajo la Corona española no fue una casualidad. De hecho, desde que Cristóbal Colón volvió de su primer viaje, Isabel la Católica se planteó necesariamente esta cuestión. Colón planteó a la reina la posibilidad de tomar como esclavos a los habitantes de aquellas lejanas tierras, pues representaban un negocio muy lucrativo y que por aquella época no estaba mal visto. Pero Isabel I lo prohibió, pues consideró que su misión, otorgada por el Papa Alejandro VI, era la de evangelizar a las gentes que habitaban los nuevos territorios. Incluso en su testamento, le ordenó a su heredera, Juana I, que velase por los derechos de sus súbditos de Nueva España. En este contexto, el nieto de Isabel la Católica, Carlos I, convocó una junta legislativa para volver a examinar la manera en que debían ser tratados los indios. En esta reunión brilló la figura de uno de los legisladores invitados: Francisco de Vitoria.
Vitoria defendió que los derechos de los indios debían de ser iguales a los de cualquier otro súbdito de la Corona y planteó que la conquista de su territorio debía hacerse solo tras tener una causa justificada. Además, defendió que la evangelización de los nativos debía ser recibida voluntariamente y que el simple rechazo a la religión no servía de justificación para pasar por encima los derechos de los indígenas. Su posición, que limitaba el poder de la Corona, fue impuesta. Es decir, Carlos I, el monarca más poderoso de su época, aceptó la argumentación moral de Francisco de Vitoria y promulgó las Leyes Nuevas, que dotaban de más derechos a los amerindios, revisado en su favor el sistema de encomiendas, y sellaban su estado como ciudadanos del Reino.
El legado de este planteamiento marcó la diferencia entre el comportamiento colonizador de España frente a otras potencias. Implicó el fomento del libre matrimonio entre colonos y nativos, el respeto de la propiedad de la tierra de los nativos, el rechazo a la esclavitud en los territorios bajo la Corona española, el fomento de la evangelización a través de misiones y, en general, la mezcla de la cultura española con la nativa.
Por este planteamiento moral sobre las relaciones entre un Imperio y los pueblos e individuos sobre los que pretende gobernar, se considera a Francisco de Vitoria uno de los fundadores del Derecho internacional. Por ello recibe, entre otros honores, el orgullo de dar su nombre a la sala de las reuniones del Palacio de las Naciones, la sede de la Organización de Naciones Unidas en Ginebra.
